Il kokedama ha origini molto antiche, vecchie quasi di 500 anni.

Una leggenda narra che un contadino giapponese in condizioni di estrema povertà, non potendo permettersi di comprare vasi di coccio, avvolse le sue piante in sfere di terra fertile e drenante, poi le ricoprì di muschio avvolgendole con dello spago. Terminato il suo esperimento utilizzò ancora un po’ di corda per appenderla e creò così il primo Kokedama della storia.

In realtà si pensa che i kokedama siano nati dalla tecnica dei Bonsai, più precisamente dalla branca Kengai con cui si realizzano Bonsai ispirati a piante che riescono a sopravvivere in condizioni difficili ed ambienti ostili.